Bár mindkét kifejezés táplálkozással kapcsolatos problémát jelez, és a tünetek is lehetnek hasonlóak, az ételallergia és az ételintolerancia mégis eltérő fogalmakat takar. Míg az első az immunrendszer betegsége, addig a második az emésztőszervrendszer tökéletlen működésére utal.